Метою діяльності Центру є організація, координація, наукове і методичне керівництво, контроль за проведенням наукових досліджень з медичного краєзнавства м. Харкова, а також популяризація їх результатів.

Головні завдання Центру:
–        проведення наукових досліджень в галузі медичного краєзнавства;
–        пропаганда та розповсюдження знань з медичного краєзнавства м. Харкова;
–        запровадження медико-краєзнавчої складової в процесі підготовки майбутніх медиків з метою покращення їх національно-патріотичного виховання, зокрема виховання в них почуття гордості за свій рідний край;
–        теоретична і методична допомога науково-педагогічним працівникам у викладанні курсу «Краєзнавство»;
–        теоретична і методична допомога музейним і бібліотечним працівникам;
–        співпраця з органами державної влади та місцевого самоврядування, установами та організаціями різноманітних сфер діяльності;
–        координації зусиль у площині медичного краєзнавства з різними науковими та освітніми організаціями та установами.

Розв’язання головних завдань Центру реалізується за основними напрямами роботи, зокрема:
– збір матеріалів з медичного краєзнавства, їх узагальнення і оприлюднення результатів наукових розвідок;
–  виконання дисертаційних досліджень з тематики історико-медичного краєзнавства;
–        створення інформаційних ресурсів з проблем медичного краєзнавства і  поширення через них медико-краєзнавчих знань;
–        зосередження громадської уваги через засоби масової інформації на
     питаннях медичного краєзнавства Харкова;
–        організація та проведення наукових конференцій, теоретичних  семінарів, «круглих столів», читань, презентацій, дискусій, конкурсів  студентських наукових робіт, екскурсій тощо;
–        підготовка підручників, навчальних і навчально-методичних  посібників, методичних рекомендацій тощо;
–        участь у реалізації проектів з підготовки енциклопедичної та довідкової літератури, путівників, ювілейних збірок, календарів  пам’ятних дат тощо.